サーバー側のJS (PHPの代りにJSが動く感じ) の前提で返信します。
わたしはNodeJSの経験はすこししかありません。

作り方にもよりますが、少なくともサービス提供時に、毎回手動で「npm run 何々」みたいなコマンドを入力する必要はないはずです。
まだNodeJSの使用を検討中の段階であれば、その点は安心してください。

Apacheを使用せず、コマンドラインから起動することにはなりますが「デーモン」としてNodeJSを自動で起動させるのが一般的かと存じます。
GNU/LinuxのサーバーでsystemctlでApacheを有効化/起動/停止できるのと同じイメージです。

時間がとれず頭の中の知識だけで書いたのでミスがあればすみません。
もし疑問が解消されなければまた相談してください。